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冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多因变量（multiresponse）回归分析的拓展。从概念上讲，RDA是因变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析 （ 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据） 。
本报告对植物生态多样性数据做了分析。
冗余分析
首先，加载数据。
要加载数据，所有文件都必须在工作目录中。
ste <- read.csv("sr.csv")
ev <- read.csv("ev.csv")
as <- read.csv("as.csv")
复制代码我对数据做了一些修改。首先，我将 ev 数据的所有定量变量（即除地貌单元外的所有变量）与 as 数据组合成一个名为 enqut. 然后，我对数据进行了归一化， 允许非常不同单位的变量之间进行比较。最后，我在归一化的定量环境变量中添加了地貌单元列，创建数据框 era，用于冗余分析。
enqut<- cbind(ev[,-5],ap)
enz <- scale
ut <- env[,5]
era<- data.frame
复制代码结构数据
我使用环境数据era 作为解释变量对植被结构进行了冗余分析。我将结果分配给对象 str。
summary(str)
复制代码
然后我得到了这个分析的 R 方和调整后R 方。
RsquareAdj
复制代码
RsqeAdj$adj.r.sqd
复制代码
制作三序图。
par
plot
points
usc <- scores
points
text
复制代码
成分数据
首先我加载了物种数据。同样，该文件 PAl.csv 必须在工作目录中。为了降低大丰度的重要性，我将 Hellinger 转换应用于物种数据。
sp <- Hellinger(sp)
复制代码然后我使用所有环境变量作为解释变量进行了冗余分析。
head(suda)
复制代码
# 获得R^2和调整后的R^2
(sR2 <- RseAdj
复制代码(spdj <- RseAdj$adj.r.sed)
复制代码以2型标尺 对物种数据制作 RDA三序图。
# 做好绘图空间
par
plot
# 绘制站点的分数
spc <- scores
points
# 绘制出物种的分数
ssc <- scores
points
# 绘制定量解释变量的箭头和它们的标签
spesc <- scores
arrows
env.names
text
# 绘制地貌单元中心点和它们的标签的绘图点
spsc <- scores
points
text
复制代码
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生态学建模：增强回归树（BRT）预测短鳍鳗生存分布和影响因素
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论文图形
这是为论文制作图形的代码。
par
ensc <- scores
arrows
points
# 制作绘图空间
par
plot
abline
mtext
# 绘制站点的分数
spsc <- scores
points
# 绘制出物种的分数
sp.sc <- scores
points
# 绘制定量解释变量的箭头和它们的标签
spsc <- scores
arrows
text
# 绘制地貌单元中心点和它们的标签的绘图点
unimes
spusc <- scores
points
text
复制代码
本文摘选 《 R语言数量生态学冗余分析RDA分析植物多样性物种数据结果可视化 》 ，点击“阅读原文”获取全文完整资料。
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原文地址：http://www.cnblogs.com/tecdat/p/16829343.html
